第二，廢稅後，無論用統籌款或補助款來彌補，主控權在中央，都是中央說了算，幾年後不認帳怎麼辦？就算名目上印花稅補助款不少，但是中央將其他地方補助款縮減，最後地方一樣吃虧。
黃耀輝表示，印花稅是地方稅，依憲法規定，要不要廢除印花稅由地方決定，中央無權說廢就廢，中央侵犯地方的財政權，有違憲之虞。
財政部次長吳自心回應，因為印花稅有重複課稅的疑慮、常有爭議，稽徵成本又高，因此趁現在稅收好、有能力時進行合理調整，「畢竟等修財劃法及實施綠稅遙遙無期」，強調不是為富人減稅。
吳自心坦承，日前財政部發函詢問，確實各地方全面反對廢印花稅，但經過溝通，只要沒有實質稅損，部分地方就可接受。未來若立法廢除印花稅，中央將每年編預算來彌補地方財源，用專案計畫型補助的方式來處理，不會「中央請客、地方埋單」。
依法減稅要籌措替代財源，吳自心表示，財源就是編列預算，不一定要新增稅目，未來再納入財劃法修法通盤處理。109年預算來不及改編，過渡期將以特別統籌分配稅款來專案補助。
至於各縣市如何分配，吳自心表示，先廢稅後再邀集各縣市來討論補助公式，可參考過去印花稅稅收及未來財政努力，依共識來分配，「一定會達成共識，此點不需要憂慮」。他舉例，過去遺贈稅減稅、土增稅減半的稅收補助公式，大家都滿意、沒有抱怨。
有地方首長認為，努力招商就可使印花稅增加，廢稅後即使以現有的規模補助也不公平。賦稅署長李慶華表示，印花稅廢除後稅收就不會增加，將依廢除時點訂定每年補助規模，但最後補助要不要每年成長，要看立法院怎麼決定。
至於廢除印花稅的最大受益者是不是建商？財政官員表示，沒有特別統計印花稅繳稅大戶的類型，印花稅是憑證稅，建商可能因從事不動產賣賣，所以繳得比較多，但跟是不是富人無關；若廢除印花稅，發票中獎就不用繳印花稅，對中1萬元可以免繳40元，大家都受惠。
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